Господа соучастники, а есть кто-нибудь, кто в шаблонах понимает. Хочется странного, надо в параметр path заголовка присвоить вычисленное значение. Что-то типа такого:

# Calculate format=patch \
    mergepkg(dev-lang/php)!= \
    path=#-replace('X.X',mergepkg(dev-lang/php),'/etc/php/fpm-phpX.X')-#
    name=php.ini

<reg>post_max_size = 8M</reg>
<text>post_max_size = 128M</text>

И второй вопрос, можно ли как-то определить слот пакета, т.к. mergepkg возвращает версию?

М-да, как водится, сам спросил, сам и отвечу. Правильный вариант:

# Calculate format=patch mergepkg(dev-lang/php)!= path=/etc/php/fpm-php#-core.cl_core_pkg_slot-# name=php.ini

<reg>post_max_size = 8M</reg>
<text>post_max_size = 128M</text>